Дело в том, что ИП на УСН всегда уплачивает агентский НДФЛ по месту своего жительства. А вот для патентников правила немного другие – они уплачивают НДФЛ с выплат свои работникам по месту учета в качестве плательщика ПСН.
Соответственно, если ИП получал патент в своей «домашней» инспекции, то агентский НДФЛ с зарплаты всех своих работников он уплачивает по месту своего жительства. А вот если в качестве патентника предприниматель зарегистрирован в ИФНС в другом регионе, налог с выплат «патентным» работникам он должен уплачивать именно туда.